Это странная ситуация, так как когда Вы ставите/снимаете сигнализацию, то работа замков является только одним из условий, но никак не основным - сигнализация также опрашивает всевозможные охранные датчики, меняется режим работы светодиода и т.д. Указанного Вами алгоритма работы в сигнализации не существует, есть обратный момент, когда сигнализация только дверьми управляет, но тогда на охранные датчики она никак не реагирует. Т.е или проблема с подключением сигнализации, но это только на месте смотреть или же программный сбой, для разбора ситуации лучше к установщикам обратиться.