C COBRA мы не сталкивались, но если в этой системе нет SLAVE-режим, т.е. постановки/снятия охраны от другого устройства и при этом этот охранный комплекс подключен к охранным датчикам, имеет блокировку, то тогда новая сигнализация будет с ней конфликтовать, нужно будет либо отключить Кобру, либо снять ее с режима охраны.
На Ваш автомобиль можем посоветовать следующие охранные системы, с автозапуском двигателя:
http://avtogsm.ru/pandora-lx-3250-p6209.html
http://avtogsm.ru/starline-e-90-p5953.html
Если на автомобиле установлен штатный иммобилайзер с чипом в ключе зажигания, то для реализации автозапуска необходим блок его обхода:
http://avtogsm.ru/saturn-au-60-p5002.html