У Вас вероятнее всего запрограммирована функция задержка поставки на охрану концевых выключателей дверей, это актуально в том случае, если на авто используется вежливая подсветка, в этом случае после нажатия на кнопку брелка сигнализация входит в охрану без учета кнопок дверей, а через короткий промежуток времени берет под охрану двери и сигнализирует от этом вспышками аварийной сигнализации. Функция программируемая, стр.22-24 в инструкции:
http://www.tomahawk.ru/images/stories/Catalogs/Tomahawk/Instruction/Tomahawk_TZ-9030.pdf