Проверьте, чтобы в момент настройки будильника брелок был в зоне действия сигнализации, иначе не примутся настройки. Также, попробуйте другие варианты запуска, чтобы определить, происходит ли вообще дистанционный запуск двигателя или же что-то с настройками, подключением.