Программно управление дверьми отключить нельзя. Проблема такого рода может быть в подключении сигнализации к замкам, в блоке самой сигнализации, а также в модуле управления ЦЗ автомобиля, поэтому точно можно проверить только на месте, если Вы не установщик сигнализации, то рекомендуем обратиться непосредственно к установщикам.