Проблема может быть связана с температурным датчиком, который подключается к кнопке капота - причина в том, что при прогреве двигателя сопротивление датчика падает и сигнализация воспринимает как открытие капота. В результате сигнализация видит, что нарушена одна из охранных зон и не дает завести двигатель. Здесь можно попробовать подключить концевик капота к блоку сигнализации через отдельную проводку, в обход штатной. Также, не стоит забывать про предварительное резервирование запуска для авто с МКПП. Для решения вопроса советуем обратиться к установщикам.