По поводу работы при автоматическом запуске, попробуйте оставить ключ в замке зажигания и произвести запуск двигателя. Если запуск произведется нормально, то причина в обходчике штатного иммобилайзера.
Если при программировании сигнализация не реагирует на кнопку, то проверьте ее подключение.
Если войти в режим программирования не получиться, то Вам потребуется обратиться в поддержку производителя:
http://www.flashpoint-alarm.ru/support