По надежности системы сравнимы. Оповещение удобнее реализовано в системах Агент и Зонт, так как оба охранных комплекса могут через интернет передавать информацию, имеют поддержку управления и настройку. По удобству Agent MS PRO будет лучше по соотношению цены/функционала для автомобиля, если на нем установлены "свободные руки" или планируете ставить/снимать охрану штатным ключом.
Если планируете использовать функцию автозапуска, то для его реализации к Agent MS понадобится блок запуска:
https://avtogsm.ru/block-ms-a4-p2821.html