Мы не осуществляем консультацию по самостоятельному подключению сигнализаций и дополнительного к ним оборудования. Если есть сомнения, то имеет смысл обратиться к установщикам.
Если брать типичные ситуации, почему на АКПП работает, а на МКПП нет, то связано с тем, что многие установщики подключают и программируют сигнализацию сначала под АКПП, потом просто переводят на МКПП, но это ошибка, так как для прохождения программной нейтрали сигнализация не только должна увидеть стояночный тормоз и нейтральное положение коробки, но и проанализировать работу двигателя, перед тем как отключить его. Если контроль запуска двигателя стоит по таходатчику, то проверьте в настройках возможность обучения сигнализации оборотам двигателя автомобиля.