Моргание светодиода может быть связано с плохим контактом одного из концевиков дверей, капота, багажника, проверьте их подключение. Для восстановления работы брелка его стоит попробовать прописать в память сигнализации, эта информация указана в инструкции, стр.11:
https://avtogsm.ru/doc/flashpoint-s1-instr.pdf
Для более детального разбора ситуации обратитесь непосредственно к установщикам для проверки оборудования на месте.