Иногда проблема связана с внешними помехами, например рядом с авто находится мощный радиоисточник, дающий помеху в эфире. Также, иногда установщики выбирают не лучшее место под установку антенного модуля - крепят его на шелкографии или на лобовом с системой электроподогрева, все эти преграды значительно снижают уровень радиосигнала. Ну и батарею в брелке также можно попробовать поменять.
Не исключено, что проблема в самом брелоке, как определить этот момент, можно уточнить непосредственно в тех. поддержке производителя:
http://www.mega-f.ru/ru/tech_support/hot_line/