Возможно сигнализация не всегда видит поднятый ручной тормоз, можно проверить подключения к ручнику. Также источник проблемы можно поискать в сигнальном проводе, по которому сигнализация определяет: можно заводить двигатель или нет. В любом случае лучше обратиться к установщикам, они уже на месте посмотрят варианты решения некорректной работы.