Возможно, что при запуске некоторое электрооборудование автомобиля, например, магнитола создает помехи радиоканалу брелока и он перестает реагировать. Также возможны и программный сбой, и проблемы с подключением. Вам нужно проконсультироваться с технической поддержкой фирмы-производителя:
http://www.tomahawk.ru/technicheskaya-podderzhka.html