Вам нужно заново брелок перепрограммировать в память, Стр.70:
http://www.mega-f.ru/common/img/uploaded/Scher-Khan_9_manual-0.pdf
Если не поможет, проверьте работу со вторым брелком, если у него все нормально и кнопки поставки/снятия охраны будут соответствовать, значит проблема в основном брелке, если же также снятие с охраны будет происходить другой кнопкой, то это проблема с подключением сигнализации.