В сигнализации Scher-Khan Magicar 5 нет функции автоматической доводки стекол при постановки автомобиля на охрану с брелка данной сигнализации. Для реализации этой функции устанавливается дополнительно блок управления стеклоподъемниками:
https://avtogsm.ru/Bloki-upravleniya-steklopodemnikami-c182.html
Скорее всего проблема в нем. Обратитесь к квалифицированному установщику.