Такое может быть, если у автомобиля какой-то из подключенных датчиков подключен через CAN-шину, сигнализация может терять такой сигнал. Также, попробуйте после возникновения такой ситуации нажать коротко на клавишу с изображением открытого багажника, т.е. тем самым опросить сигнализацию, возможно она Вам дополнительно покажет индикатором неисправную зону.