Судя по Вашему описанию, причина проблемы в обходчике штатного иммобилайзера.
Чаще всего происходит дезориентация антенны обходчика. Реже - причина в питании обходчика. Как правило в обходчике лежит дополнительный ключ, заказанный клиентом. Бывают случаи, что автомобиль «забывает» прописанные дополнительные ключи, особенно это бывает после записи других дополнительных ключей.