Разница есть в большей степени практического плана.
Внутренние датчики.
Плюсы: при грамотном монтаже датчики с внутренней установкой защищены от внешней среды, что особенно актуально для условий вне дорог общего пользования. При этом не нарушается внешний эстетический вид колеса.
Нюансы: вес датчика таков, что потребуется балансировка колеса. Потребуются грамотные шиномонтажники, чтобы датчик не было поврежден при замене резины. При замене датчика придется разбортирвоать колесо, замена элементов питания во внутренних датчиках не предусмотрено (но срок их службы до 4-7 лет в зависимости от эксплуатации).
Минусы: цена систем с внутренними датчикам больше и для монтажа датчиков потребуются установщики.
Внешние датчики.
Плюсы: внешние датчики проще в установке и замене. На большинстве авто не требуется балансировка колес. Перед шиномонтажом датчики можно снять во избежания их повреждения. Предусмотрена замена элементов питания.
Нюансы: размер датчика таков, что на литых дисках будет заметен и может нарушать вид.
Минусы: может быть поврежден в процесс эксплуатации из-за наружного применения. Внешние датчики могут стянуть злодеи.

Точность показаний и скорость работы у датчиков обоих систем сравнима и достаточна большинству пользователей.