Попробуйте сперва брелок перепрограммировать в память сигнализации, стр.32:
https://avtogsm.ru/article/Alligator_S-825RS_owner_manual.pdf
Если же сама сигнализация ставится/снимается с охраны, а не работают только замки дверей, то проблема такого рода может быть в подключении сигнализации к замкам, в блоке самой сигнализации, а также в модуле управления ЦЗ автомобиля, поэтому точно можно проверить только на месте, если Вы не установщик сигнализации, то рекомендуем обратиться непосредственно к установщикам.