Конечно, если подключена блокировка сигнализации, то обычно ее используют именно на запрет запуска двигателя. При снятии сигнализации брелком с охраны блокировка также будет сниматься. Если у Вас блокировка мешает запуску двигателя, то нужно на месте смотреть, подключения бывают разные, поэтому дистанционно на Ваш вопрос не ответить.