Конечно, автоматом мог не верно определить протокол. Иммобилайзер здесь вряд ли является причиной подобной работы, так как в этом случае никаких показаний бы не было. Можно попробовать сначала сделать общий сброс настроек, в инструкции эта информация также есть.
Может у Вас старая версия программного обеспечения, этот момент можете уточнить непосредственно у производителя:
http://www.multitronics.ru/faq/?cat_id=&action=ask