Функционально они одинаковы. Отличия будут в комплектации (в зависимости от модификации M96 (SL, M, L) и S96 (BT GSM-GPS /BT-GSM). Также для владельцев систем M96 предусмотрены специальные страховые условия, это скидка на КАСКО и для модификации SL доступен проект Starline+Arkan:
https://www.arkan.ru/abonent/starline/