Это связано с тем, что у каждого брелка есть свой идентификатор. Когда батарейка полностью разряжается, ваша сигнализация какое то время не может определить ваш брелок. После того как вы меняете батарейку, у брелка идентификатор уже другой и его просто не может распознать сигнализация. Могу вам посоветовать своевременно менять батарейку на брелке и не допускать полного разряда батарейки. На брелке, когда у батарейки заряд будет на низком уровне, начнет гореть индикатор низкого заряда батарейки.