Это не глюк, просто сам по себе процесс настройки под МКПП и АКПП отличается и связано это как раз с резервированием, так как этот процесс подразумевает то, что сигнализация должна "понять", что двигатель можно запустить и отслеживает этот момент по проводке контроля запуска двигателя. Если у Вас процедуру проверки сигнализация не проводит, то скорее всего в этот момент она не видит в месте подключения контроля запуска корректных данных, при которых можно было бы запустить двигатель. Соответственно, нужно поэксперементировать над подключением и программирование контроля запуска двигателя.