Если в 16-контактном диагностическом разъеме присутствует контакт №7, то бортовой компьютер Multitronics VG1031UPL должен работать в полном объеме (включая диагностику) по фирменному протоколу VAG. Попробуйте еще раз посмотреть расположение контактов. Возможно Вы не правильно посмотрели.
Информацию по 16-контактному диаг. разъему, можно посмотреть здесь:
http://www.multitronics.ru/info_obd2/

Если контакт №7 все-таки отсутствует, в 16-контактном диаг. разъеме, то:

Если под капотом в блоке предохранителей или в салоне автомобиля присутствует два 2-контактных разъема (где контакт №3 - К-Линия), то бортовой компьютер Multitronics VG1031UPL должен работать в полном объеме (включая диагностику) по фирменному протоколу VAG. В некоторых случаях могут быть технические ограничения (в зависимости от типа VAG, комплектации автомобиля и т.д. могут не отображаться некоторые параметры, например ДТ2 - датчик кислорода 2, расход воздуха итд.).
Подробности по протоколу VAG и подключению БК, Вы найдете по этой здесь:
http://www.multitronics.ru/vag/