Если сигнализация с автозапуском, то штатный иммобилайзер будет блокировать попытки запуска. Если автозапуском не пользуетесь или сигнализация не имеет эту функцию, то активация штатного иммобилайзера не должна привести к конфликтам в работе, при условии, что все подключения выполнены верно.