Если автозапуск не работает, то заведенный авто сигнализация не увидит. Для начала надо проверить идет ли сигнал с блока сигнализации на стартер и зажигание. Так как авто с МКПП и сигнализация подключена корректно, то перед запуском двигателя необходимо выполнить резервирование. Проверить также как и куда подключен источник контроля запуска двигателя.