Если Вы с брелка пытаетесь двигатель остановить, то не исключено, что в этот момент сигнал от брелка слаб или он глушится работающим авто, поэтому сигнализация команду не принимает, попробуйте заглушит авто находясь вплотную к нему.
Если же у Вас после включения автозапуска двигатель не глохнет автоматически в положенное время, то в этом случае нужно сделать запрос в поддержку KGB:
http://bilarm.ru/asp/technology