Для настройки есть разница и в работе будет разница - при подключении в отдельный вход магнитолы обычно больше настроек работы сабвуфера в самой магнитоле. Но при отсутствии входа на сабвуфер подключение по высокоуровневым входам вполне приемлемый вариант, если говорить о данном активном сабвуфере со своими усилителем и настройками.